En el año 2631, un meteorito cayó en el archipiélago Galuga cerca de Nueva Zelanda, trayendo una forma de vida alienígena inactiva. Dos años más tarde en 2633, una organización terrorista de origen alienígena llamada "Blood Falcon" (Halcón Sangriento) asume el mando de la isla como parte de sus planes de invadir la Tierra. Los soldados Bill Rizer y Lance Bean, de la unidad Contra, son enviados a la isla oceánica para detener la maléfica amenaza.En la versión Americana de NES, la localización del juego cambió algunos aspectos, cambiando la acción desde Nueva Zelanda a una isla en América del Sur. La llegada del meteorito ocurre en la década de 1950 y la invasión comienza treinta años después (Seis meses de vida en tiempo de la forma de vida alienígena). La organización alienígena fue renombrada "Red Falcon" (Halcón Rojo), debido a las políticas de Nintendo de referentes a temas de violencia. Finalmente, los nombres de los comandos fueron cambiados a "Mad Dog" (Perro Loco) y "Scorpion" (Escorpión)
En Europa y Oceanía, debido a las políticas referentes a contenido violento en videojuegos vendidos a menores, el juego fue renombrado como "Probotector", y todos los personajes humanoides fueron reemplazados con Robots, ya que se consideró inapropiado mostrar a personajes humanos disparando a otros personajes humanoides (a pesar de que, técnicamente, se trata de soldados alienígenas), y se reemplazaron todos los personajes de apariencia humana con robots.
La acción retoma la ambientación "futurista" de la versión Japonesa, en el año 2633, la humanidad vive en paz y en perfecto equilibrio de ciencia y naturaleza, pero se descubre una forma de vida alienígena de la Galaxia del Apocalipsis que se prepara para invadir la tierra, y se decide crear dos Robots de Combate Protectores (PROBOTECTORES)y de este modo, los personajes principales se convirtieron en los "Probotectores" RD008 y RCO11.
Cabe destacar el hecho de que en países Europeos, los juegos de la saga "Contra" se mantuvieron censurados como "Probotector" hasta el año 2002, con el lanzamiento de Contra: Shattered Soldier, que fue distribuido en su versión "original" sin sustituir a los personajes por Probotectores.
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